Dio sakralne zbirke potjeće iz župa Žumberačkog vikarijata Križevačke eparhije, a dio eksponata, ponajviše ikona, zadužbina je svećenika Zlatka Latkovića. U sakralnom muzeju među mnogobrojnim vrijednostima nalazi se jedinstveni naprsni križ iz 12. stoljeća, ikona Krista Emanuela iz 16. stoljeća, a tu se čuva i poznata slika Žumberačke Bogorodice koju su Uskoci iz Dalmacije kao svoju najveću svetinju donijeli u Žumberak 1530. godine. Muzejski fundus podijeljen je na predmete od metala (kaleži, križevi, kovanice, zvona), predmete od drveta (ikone), predmete od papira (knjige) i predmete od tkanine (crkvena odjeća, plaštanice, antiminsi). Jedinstvena zbirka bizantsko-hrvatske obredne tradicije koja se može vidjeti u stalnom postavu Sakralnog muzeja Grakokatoličkog sjemeništa u Zagrebu svjedoči o višestoljetnoj bogatoj kulturnoj baštini hrvatskih grkokatolika.