No u noj su se i dalje vršila bogoslužja. Određeno vrijeme tu se služila i misa po rimskom obredu jer su nakon potresa gornjogradske crkve sv. Marka i sv. Katarine bile neupotrebljive. Tadašnji križevački vladika Đuro Smičiklas odlučio je umjesto sjemenišne kapele podići novu župnu crkvu. Njegov nasljednik vladika Ilija Hranilović proveo je odluku nekoliko godina kasnije, te je umjesto sjemenišne kapele sv. Vasilija sagradio novu župnu crkvu sv. Ćirila i Metoda. Projekt je povjerio bečkom arhitektu Hermanu Bolleu. Dne 16. ožujka 1885. Gradsko poglavarstvo izdalo je građevinsku dozvolu za novu crkvu sv. Ćirila i Metoda.[1] Ravnateljstvo sjemeništa vodilo je veliku sabirnu akciju za gradnju crkve. Gradnju crkve osobito je pomogao tadašnji gradonačelnik Zagreba rođeni Žumberčan Nikola Badovinac. Gradonačelnik Badovinac već je ranije najavio kako će Grad materijalno podržati gradnju nove crkve [2] Zadnja liturgija u crkvi sv. Vasilija služila se u nedjelju 15. ožujka 1885. Radovi na novoj crkvi su započeli 17. ožujka 1885. a liturgija za potrebe zagrebačkih grkokatoličkih vjernika za vrijeme gradnje nove crkve služila se u obližnjoj crkvi sv. Katarine. Radove na gradnji izvodio je tijekom 1885./1886. majstor Mihael Faleschini. Ikonostas iz stare crkve sv. Vasilija darovan je župi sv. Jurja u žumberačkom naselju Stojdraga, a luster je poklonjen župnoj crkvi sv. Petra i Pavla u Sošicama. Već krajem kolovoza 1885. toranj, lađa crkve i svetište bili su izgrađeni. U austrijskom Insbrucku naručeni su mozaici za pročelje crkve te križ za vrh tornja. Na mozaicima na pročelju na vrhu se nalazi Krist između sv. Petra i Pavla, a u sredini su mozaici sv. Ćirila i Metoda. Krajem rujna 1886. dovršene su ikone za novi ikonostas. Prvotne ikone izradio je slikar Mašić ali nisu prihvaćene pa je konačno nove ikone izradio slikar Bučevski. Drvenu konstrukciju ikonstasa izradio je J. Šeremet. Drveni strop i dvije pjevnice radio je stolar Hacker. Dva biskupska trona i jedan carski izradio je Budicki. Luster u lađi crkve izradio je A. Mesić. Zidove je oslikao I. Clausen. Kamenorezačke radove izveo je M. Fitzka. Vitraje u apsidi s prikazima pape Hadrijana i slavenskih apostola Ćirila i Metoda te Trojicom svetitelja izradila je jedna radionica u Insbrucku. Četiri zvona koja su nakon potresa 1880. skinuta s crkve sv. Katarine prelivena su i darovana za novu grkokatoličku župnu crkvu. Novopodignutu crkvu sv. Ćirila i Metoda blagoslovio je križevački vladika Ilija Hranilović 12. prosinca 1886. godine. Tijekom I. Svjetskog rata crkvi su oduzeta zvona te je dugi niz godina ostala bez zvonjave. Godine 1931. zalaganjem tadašnjeg župnika Ivana Đure Višoševića kupljena su tri nova zvona od tvrtke Lebisch iz Zagreba. Postavljena su na crkvi 1. studenog 1931. godine. Trećinu svih troškova oko nabave novih zvona snosio je zagrebački ljekarnik Đuro Smičiklas. Najveće zvono posvećeno je Ćirilu i Metodu, srednje Presvetoj Bogorodici, a najmanje sv. Vasiliju Velikom. Godine 1928. u crkvi je uklonjen stari kor na lijevom bočnom zidu, a novi kor izgrađen je iznad ulaza 1932. godine. Šest prenosnih ikona za tetrapod (stolić u sredini crkve) izradila je akademska slikarica Dekleva. U lađi crkve na bočne zidove postavljene su velike slike akademskog slikara Ivana Tišova s prikazima: Uskrsnuća Isusova, Posljednjeg suda i Rođenja Isusova. Slika Rođenja Isusova posebno je zanimljiva jer prikazuje hrvatskog biskupa Grgura Ninskog obučenog u bizantsko ruho. U liku Grgura Ninskog prepoznaje se križevački biskup Julije Drohobecki, u liku kneza Branimira krije se umjetnik Ivan Tišov, a u liku kraljice Jelene umjetnikova supruga Terezija. Na koru crkve nalazila se i velika slika Ivana Tišova s prikazom Isusova ulaska u Jeruzalem - Cvjetnica. Ta je slika kasnije prenesena u sjemenišnu dvoranu. Godine 1955./1956. izrađen je detaljan projekt preinake tornja župne crkve sv. Ćirila i Metoda. Zvonik je imao starobizantski izgled s otvorenim vidikovcem na vrhu. Konzervatorski zavod projekt preinake tornja župne crkve ipak nije odobrio.